用户在购买了水质在线监测仪之后，其的工作流程也是需要了解的工作之一。
以下是工作人员和大家分享（TOC）总有机碳在线分析仪的工作流程：
1.载气Ⅰ通过压力调节器后与来自注射泵的试剂、来自注射泵及分配阀的水样混合后共同进入搅动环路，并进行充分的酸化反应。水样中的无机碳在磷酸的作用下转化成二氧化碳气体然后从气/液分离器口逸出。水样中的有机碳与试剂中的过硫酸钠进入反应器。在紫外光和过硫酸钠的氧化作用下，有机碳转化成二氧化碳气体。
2.载气Ⅱ通过流量计进入反应器，带动二氧化碳气体进入冷凝器。冷凝后的二氧化碳气体进入电子制冷器进一步降温至6℃，从而达到气／水分离的目的，水分对测定值的影响。
3.滤去二氧化碳气体中可能存在的固体微粒和干扰离子后进入NDIR进行浓度测量。
4.NDIR输出与二氧化碳气体浓度相对应的模拟信号；经AD变换后，这个信号被CPU采集并处理，显示出水样的TOC总量值。
5.无机碳的去除： 
样品中以碳酸盐、重碳酸盐和以溶解态存在的二氧化碳必须在有机碳测试过程前去除，目的是只考虑有机碳。样品与试剂混合后其中的无机碳与磷酸发生反应在载气的带动下，二氧化碳从气液分离器逸出。
6.有机物质的氧化： 
样品与试剂混合后流入反应器，通过紫外光线的照射及氧化剂过硫酸钠（铵）的作用，样品中的有机碳快速反应，形成二氧化碳。
7.数据处理： 
仪器采用连续及间歇式进样相结合，TOC氧化充分，增加了测量范围、提高了仪器的精度、及稳定度。数据处理器采集一定时间的CO2气体浓度，做积分处理及线性拟合。0-5000mg/L的大量程仪器。