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目前饲料中最关键的指标之一就是蛋白质含量。和鱼肉一样，在吃了虾之后，只有一小部分就能被消化掉，绝大多数都能代谢入水中。这些蛋白质中的一部分，在病菌的作用下，将其溶解成无机物态的氨氮和硝态氮。最终，海藻和微生物利用这两个部分的氮元素再次进入物质循环。 氨氮是具有一定毒性的。在水体中，氨氮将转化为以上的平衡关联。铵盐是一种有毒物质，但离子氨具有很强的毒性。非离子氨易经细胞质进入体内，导致血液中高铁血红蛋白浓度升高，血液和夜间载氧量下降，从而出现缺氧症状。同时，非离子氨能破坏鱼，虾类的中枢神经系统。即使氨氮浓度较低，长时间接触也会损害鱼鳃机构，造成鳃小块弯曲、粘连或结合。
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