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仪器采用流通测量方式，即样品以流动方式通过微生物电微生物膜里含有大量好氧微生物，在有氧和有机物的环境下非常活跃，氧电的输出电流与溶解氧的浓度成正比，不含有机物的液体通过流通池时，透过微生物膜的溶解氧几乎没有减少。
当含有有机物的溶液经过流通池时，微生物消耗大量的溶解氧，消耗的溶解氧与有机物的浓度成正比，于是导致透过微生物膜的溶解氧相应减少。溶解氧电测出溶解氧浓度的变化量，从而计算出BOD值。 BOD在线监测仪的使用要点说明：
1.预先估计被测样品的BOD值，如无法估计，可借助化学需氧量(CODCr)推算。一般BOD量按化学需氧量(CODCr)的70%计算大致的浓度范围。根据水样个数及8个培养瓶，选择需准备平行样数量。水样须经过预处理其PH值应在7.2左右。
2.若发生CO2吸收剂进入样品的情况，应倒掉样品并重新准备新样品。注意每个瓶子和密封盖及管道是配套的，不能互换拧错瓶盖，否则数据将与瓶中水样不对应。
3.培养瓶中转子如有转动不好的，轻轻摇晃瓶子使其转动即可，但切勿摇晃幅度过大使CO2吸收剂进入水样。
4.在正常测定时恒温等待时间不能低于1小时，也不能高于3小时，否则影响测量结果。环境温度接近20℃选择恒温1小时，与20℃温差较大时在范围内适当延长恒温等待时间。
5.数据处理，仪器根据设定的取样量可以直读浓度。用户只需将同一样品的平行样取平均值即为此水样的BOD值。
6.清洗培养瓶、密封杯及转子时可选用机械方法去除污垢，有条件的可选用超声波清洗机清洗。
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